العلماء لم يضموا السمك الجلكي ضمن المجموعة الفرعية للغضروفيات بسبب بعض الاختلافات في تركيب وتطور الجسم بين السمك الجلكي وبين الكائنات الأخرى التي تصنف ضمن الغضروفيات.
على الرغم من أن جسم السمك الجلكي يتألف من غضاريف وأنسجة غضروفية بدلاً من العظام، إلا أن تطويره الجنيني وانتشاره جاء بطرق مختلفة عن الكائنات الأخرى التي تصنف ضمن الغضروفيات. وهذا يجعله يختلف عنهم في بعض النواحي الهيكلية والوظيفية.
لذلك، على الرغم من أن السمك الجلكي يتشابه مع الغضروفيات من ناحية بنية الجسم، إلا أنه يظل يختلف عنهم في تطوره وبعض الخصائص البيولوجية، مما يجعله يصنف ضمن مجموعة مخت العلمي.