التقنية المستخدمة في تصوير الذرات منفردة هي ميكروسكوب النفاذية الإلكترونية بالمجهر النفاذية. يستخدم هذا الميكروسكوب شعاعًا نافذ من الإلكترونات بدلاً من الضوء، مما يتيح للباحثين رؤية الأشياء بدقة عالية على المقياس الذري. يمكن لهذا النوع من الميكروسكوب أن يساعد في فهم هيكل الذرة على المستوى الذري وتحليل ترتيب الذرات والروابط بينها في المواد.